矽藻是什麼?
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矽藻的重要性是什麼,為什麼要研究它?
演化上特殊的生物
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海洋生態上重要的生物
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生物科技應用的好材料
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翰佳老師實驗室在作矽藻的什麼?
矽藻的缺磷生理探討
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分子生物工具開發
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基因轉殖矽藻 (範例,可作為環境檢測的矽藻)
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發展基因體編輯的技術 (可以做甚麼呢?)
[基因轉殖類]  基因體編輯    難度: 5
 
第一層:基本定義介紹
Genome Editing 是指直接在生物體染色體 DNA 上進行基因體的編輯,而所謂的編輯包括了刪除或是插入一段 DNA 序列。
 
第二層:詳細解釋
和一般重組 DNA 技術不同 (延伸知識 1:DNA 重組技術),基因體編輯是在活體細胞的細胞核中進行 DNA 重組。活體細胞的染色體 DNA 十分脆弱,目前的技術無法取出完整的染色體 DNA,修改後再完整送回細胞中。因此,必須使用活體內的 DNA 編修機制來達到基因組編輯的目的。
 
最常使用的機制是細胞內的雙股斷裂修補機制 (Double Strand Break,簡稱 DSB) 修補機制 (延伸知識 2:DSB 修補機制),當細胞發生 DSB 時,為了快速修補 DNA 損傷,細胞會進行兩種修補方式:1. 如果有同源 (序列相似) 的 DNA 存在時,會進行同源互補 (homologous recombination)。2. 非同源端點結合 (Non-homologous end join,簡稱 NHEJ)。在應用上,如果走第一種途徑,科學家可以用一段同源序列把要修改的 DNA 帶入染色體中,達到插入型的基因組修改;如果走第二種途徑,則修補時可能造成序列欠損,而達到刪除型的基因組修改目的。
 
第三層:延伸說明與應用實例
不同物種的基因組編輯成功機率都不相同,以細菌與酵母菌為例,其染色體很容易進行同源重組,因此在這些細胞內進行基因組編輯相對容易,只要將欲修改的序列夾帶進同源序列中,製造成基因重組載體 (延伸知識 3:基因重組載體),然後轉型/轉染細胞 (延伸知識 4:細胞轉型/轉染),就有很大的機會可以得到基因組編輯成功的細胞。
 
但是像是哺乳類細胞,很不容易進行同源重組,因此通常只能在細胞層次進行,以大量細胞來換取基因組編輯實驗的成功機會。若是要提高基因組編輯成功機會,則必須以人工的方式在染色體目標區域製造 DSB。原本常在一般重組 DNA 所使用的限制酶辨識的序列,因為在染色體中不夠專一,會將染色體切碎 (延伸知識 5:限制酶原理),所以並不適合使用。近年來發展出幾種更專一的分子切割工具,例如 1. Zinc Finger Nuclease (ZFN); 2. TALEN; 3. CRISPR/Cas9 (延伸知識 6:基因組編輯工具)。這些更精準的核酸酶,可以在染色體的特定位置製造 DSB,進而提高基因組編輯的效率。
 
基因組編輯的應用,在基礎研究上可以幫助科學家更了解基因的功能。例如基因剃除 (gene knockout),可以把某一基因的功能完全關閉,從而觀察細胞或是個體的生理變化,以逆向遺傳學 (延伸知識7:逆向遺傳學) 的方式研究基因的功能。或是以基因敲入 (knock-in) 的方式,將報導基因送入特定位置,可以用來研究啟動子調節的機轉 (延伸知識 8:啟動子活性分析)。在臨床應用上,目前已經有科學家在研究利用基因組編輯技術,來修補先天遺傳的缺陷,在將修補完成的細胞植回病人體內,達到治療的效果。不過相關實驗目前除了仍有安全性的疑慮之外,也有一些道德上的爭議,目前仍然只在基礎研究上應用。
 
 
學生須瞭解的延伸知識:
  1. DNA 重組技術
  2. DSB 修補機制
  3. 基因重組載體
  4. 細胞轉型/轉染
  5. 限制酶原理
  6. 基因組編輯工具
  7. 逆向遺傳學
  8. 啟動子活性分析
 
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